Empirische Studien auf Basis von Handelsbilanzdaten und Unternehmensbefragungen belegen, dass die Zinsschranke eine Vielzahl von großen Konzernbetrieben erfasst. Den Studien zufolge schwankt die Zahl an betroffenen Unternehmen zwischen 561 und 1824 Unternehmen. Aufgrund von operativen Verlusten liegt die Fallzahl an Unternehmen, die eine effektive Mehrbelastung erfahren, zwischen 249 bis 835. Insbesondere das Grundstücks- und Wohnungswesen und der Dienstleistungssektor sind stark von der Zinsschranke betroffen. Im Handel und verarbeitenden Gewerbe wird eine vergleichsweise durchschnittlich bis hohe Relevanz der Zinsschranke identifiziert.
Die betroffenen Unternehmen haben häufig ein strukturelles Problem mit der Zinsschranke, weshalb ohne Anpassungen der Unternehmens- und Finanzierungsstruktur keine erfolgversprechenden Aussichten für die Nutzung des Zinsvortrags bestehen. Multinationale Konzerne scheinen in der Tendenz dazu überzugehen, ihren inländischen Zinssaldo gezielt zu steuern, um über die Reduktion von Zinsaufwendungen oder die Steigerung von Zinserträgen das verrechenbare EBITDA und/oder die Freigrenze zu unterschreiten. Auch über die Begründung oder Aufhebung von Organschaften lassen sich positive Effekte für den steuerlichen Zinsabzug erzielen. Dennoch werden große Konzerne mit primärem Inlandsbezug vielfach nicht in der Lage sein, ihre inländische Fremdfinanzierung durch konzerninterne Maßnahmen flexibel an die Zinsschranke anzupassen. Ferner sind insbesondere Immobilien- und Industrieunternehmen regelmäßig auf externes Fremdkapital angewiesen, weshalb auch hier der Umfang an Gestaltungsmaßnahmen begrenzt ist. Solche Konzerne sind auf die Inanspruchnahme des Eigenkapitalvergleichs angewiesen, der bei einer im Vergleich zum Konzern typischen Fremdfinanzierung der Inlandsbetriebe einen unbeschränkten Zinsabzug ermöglicht.
Die Anwendung des Eigenkapitalvergleichs ist jedoch aus mehreren Gründen besonders problematisch. Aus steuerrechtlicher Sicht ist eine Vielzahl an offenen Auslegungsfragen zu beklagen, die eine rechtssichere Anwendung der Vorschrift verwehren. So bestehen Unklarheiten bei der Reichweite des steuerlichen Konsolidierungskreises, aus dem die maßgebliche Eigenkapitalquote des Konzerns abzuleiten ist. Ferner bestehen in der Literatur Meinungsverschiedenheiten über die exakte Ermittlung der Eigenkapitalquote der Einzelbetriebe. Die Komplexität dieser Zweifelsfragen vervielfacht sich im Kontext der steuerlichen Konsolidierung von Organschaften. Selbst wenn man von diesen Rechtsunsicherheiten abstrahiert, ist der Eigenkapitalvergleich mit hohem administrativem Aufwand und Planungsunsicherheit verbunden. Denn neben der Ermittlung der zu vergleichenden Eigenkapitalquoten von Konzern und Betrieb muss der Nachweis erbracht werden, dass keine einzige Gesellschaft des Konzerns in schädlichem Umfang fremdfinanziert wird (sog. Gesellschafterfremdfinanzierung). Die wirksame Überwachung von potentiell schädlichen Fremdfinanzierungen wird bei multinationalen Konzernen schnell an Kapazitätsgrenzen stoßen. Hinzukommt, dass die Anforderungen der Finanzverwaltung an den Nachweis zur Widerlegung von schädlichen Fremdfinanzierungen unbekannt sind, weshalb auch der Nutzen von konzerninternen Kontrollmechanismen gefährdet ist.
Insgesamt bleibt festzuhalten, dass viele Konzernunternehmen durch die Zinsschranke zum Teil substanzgefährdend belastet werden, obwohl deren Fremdfinanzierung keine missbräuchlichen Züge aufweist. Für diese Fälle ist ein rechtssicherer und administrativ zu bewältigender Ausnahmetatbestand zu fordern, der am gegenwärtigen Konzept des Eigenkapitalvergleichs ausgerichtet werden könnte.