Die tatsächliche Durchführung des Gewinnabführungsvertrages ist unabdingbare Voraussetzung für die Anerkennung der körperschaftsteuerlichen und gewerbesteuerlichen Organschaft. Bei der Ermittlung des abzuführenden Betrags sind Ausschüttungssperren zu beachten, die nach der Änderung von § 301 AktG durch BilMoG als Abführungssperren greifen. Ungeklärt ist jedoch das Zusammenwirken von Abführungssperre und latenten Steuern, woraus ein erhebliches Steuerrisiko resultieren kann.Werden selbst erstellte immaterielle Vermögensgegenstände des Anlagevermögens in der Handelsbilanz der Organgesellschaft aktiviert, trifft diese Aktivierung auf ein steuerliches Ansatzverbot (§ 5 Abs. 2 EStG). Aus diesem Vorgang resultiert eine doppelte Konsequenz, nämlich das Eingreifen einer Abführungssperre nach § 268 Abs. 8 S. 1 HGB sowie die Notwendigkeit zur Bildung einer passiven latenten Steuer. Die Problematik ergibt sich aus der Tatsache, dass die beiden Konsequenzen auf unterschiedlichen Ebenen zu berücksichtigen sind. Der Abführungssperre ist bei Organgesellschaften Rechnung zu tragen, während die passive latente Steuer nach herrschender Auffassung und dem Grundfall gemäß DRS 18.32 beim Organträger zu bilden ist. Würden beide Effekte auf der gleichen Ebene erfasst, würden die passiven latenten Steuern den abzuführenden Betrag reduzieren.

Da die Berücksichtigung aber auf zwei unterschiedlichen Ebenen erfolgt, müsste nach dem Wortlaut des Gesetzes bei der Organgesellschaft im Normalfall der gesamte Ergebnisbeitrag gesperrt werden, der sich aus der Aktivierung des selbst erstellten immateriellen Vermögensgegenstands ergibt. Da zusätzlich noch beim Organträger eine passive latente Steuer zu bilden ist, die ebenfalls eine ausschüttungssperrende Wirkung entfaltet, würde diese Bruttobetrachtung zu einer übermäßigen, weil unnötigen Begrenzung des Ausschüttungsvolumens beim Organträger führen. Sachgerecht erscheint es demgegenüber, die beim Organträger zu bildende latente Steuer bereits bei der Ermittlung der Abführungssperre in der Sphäre der Organgesellschaft zu berücksichtigen, da ein enger sachlicher Zusammenhang zwischen der Aktivierung des selbst erstellten immateriellen Vermögensgegenstands und der Bildung einer passiven latenten Steuer besteht (Nettobetrachtung).

Da der Gesetzeswortlaut eher für die Brutto-, der Sinn und Zweck der Regelung eher für die Nettobetrachtung spricht, die Finanzverwaltung sich zu dieser offenen Frage aber noch nicht geäußert hat, wird man die Befolgung keiner der beiden Auffassungen dem Verdikt der nicht zutreffenden Durchführung des Ergebnisabführungsvertrages aussetzen können. Beide Vorgehensweisen müssen bis zu weiteren Klärung der angesprochenen Rechtsfrage als zutreffende Durchführung des Gewinnabführungsvertrages angesehen werden. Allerdings wäre es sehr wünschenswert, wenn sich die Finanzverwaltung möglichst bald zu den offenen Fragen äußert, die sich aus dem BilMoG für das Körperschaftsteuerrecht ergeben.